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Prix du travail étudiant 2012 du CCNSE - T Konya

La poussière domestique est-elle un réservoir pour les bactéries intestinales des nourrissons?

T Konya
l'Université de Toronto : maîtrise en santé publique

De nombreuses études ont mis en évidence une association entre le microbiote intestinal du nourrisson et le développement de l’asthme et des maladies atopiques. Il est établi que certains facteurs d’exposition environnementale déterminent la succession des bactéries dans le microbiote intestinal du nourrisson (mode d’accouchement, prise d’antibiotiques, allaitement naturel ou artificiel, microbiote de la mère). Cette étude examine dans quelle mesure l’environnement intérieur peut servir de réservoir pour les bactéries intestinales. Elle compare le microbiote de la poussière domestique à celui d’échantillons fécaux prélevés chez des nourrissons à 3 mois. Des échantillons de selles et de poussière domestique ont été prélevés à 3 mois chez vingt nourrissons de Winnipeg (Canada) préalablement recrutés dans l’étude CHILD (Canadian Healthy Infant Longitudinal Development). Pour chaque échantillon, l’ADNr 16S bactérien du microbiote a été séquencé au moyen d’une nouvelle méthode de séquençage en série proposée par Illumina (SI-seq). Le résumé et les analyses statistiques ont été réalisés au moyen des logiciels MS Excel, PC-ORD et R sur la totalité de l’ensemble de données, puis sur des données plus prudentes obtenues en excluant les taxons en deçà d’un seuil d’abondance. Les divisions Actinobacteria, Firmicutes et Proteobacteria prédominaient dans les échantillons de selles comme dans les échantillons de poussière, et ces derniers présentaient également une teneur élevée en cyanobactéries. L’analyse par positionnement multidimensionnel non métrique (NMDS) a révélé que les communautés bactériennes de la poussière et des selles constituaient 2 groupes distincts. Un test de permutation modifié a révélé que le nombre d’unités taxonomiques opérationnelles (UTO) partagées entre la poussière et les selles d’un même sujet était significativement plus élevé que dans le cas aléatoire (p = 0,0328). Les résultats font ressortir une nette différence entre le microbiome intestinal du nourrisson et le microbiome de la poussière domestique. Cependant, la cooccurrence de certains taxons dans les échantillons de poussière et de selles appariés suggère l’existence d’une association entre les populations bactériennes de ces communautés. L’utilisation de données restreintes plus prudentes n’a eu qu’un effet minime sur le résultat global des analyses.